南京财经大学以经济管理类学科见长，现有应用经济学硕士学位一级学科1个，企业管理、会计学、金融学、产业经济学等硕士点22个;现有企业管理、产业经济学、金融学、统计学等4个江苏省重点学科以及应用经济学1个江苏省重点一级学科。
南京财经大学拥有雄厚的师资力量。现任MBA教师中教授69人，副教授人55人;教师中80%具有博士学位，40%的教师有国外学习和进修的经历，大部分教师毕业于国内外知名院校的经济管理类专业，具有扎实的学术功底和全新的知识结构，曾在政府、企事业等部门从事实践活动或为其提供高水平的咨询服务。
南京财经大学是原国家经贸委确定的“十五”期间首批承担工商管理人才培训的56所资格院校之一，我校“八五”以来一直承担全省大中型企业领导的工商管理培训、国家经贸委大型企业“三总师”的培训以及特大型企业领导的工商管理培训，为政府、行业和企业培养了一大批应用型高级管理人才。
南京财经大学根据办学条件、学科优势以及市场的实际需求，设置以下五个专业方向：商务管理方向、会计与财务管理方向、营销管理方向、金融管理方向、组织与战略管理方向，满足社会对中高级企业经营管理人才的需求。
南京财经大学MBA培养强调理论与实践的统一，注重案例教学，突出学生与教师、学生与学生之间的互动与交流。在向MBA学员传授现代企业专业理论知识的同时，加强对MBA学员创新思维的训练，全面提高MBA学员综合分析能力和沟通能力，增强MBA学员战略决策能力，着力培养MBA学员的企业家精神。
南京财经大学借助“校企联盟”平台，紧密联系课堂教学与企业实际，定期邀请各行业的成功企业家、政府官员前来讲学，邀请国内知名企业家来学校演讲，与MBA 学员进行交流。在课程教学中引入加拿大滑铁卢大学的co-operative制度，每门课程安排校内和企业界各1名教师合作上课。同时借助美国南加州大学、英国南安普敦大学、加拿大滑铁卢大学等高校的办学资源，加强国际合作，增强MBA教育的开放度和国际化程度。
